세컨드 임팩트의 충격으로 인류의 절반이 사라진 이 곳에 정체불명의 사도들이 다시 공격해 오기 시작한다. 특무기관 네르프 소속의 14세 파일럿들은 각자의 에반게리온을 타고 사도의 위협에 맞서 싸운다. 자신이 왜 타야 하는지도 모른 체 에반게리온을 타는 신지와 자신의 임무를 묵묵히 수행하는 레이. 그리고 에반게리온을 통해 자신의 능력을 표출하고 싶은 아스카까지! 같은 운명을 타고난 그들은 조금씩 마음을 열고 연대하기 시작한다. 그리고 사도들 시시각각 새로운 모습으로 그들에게 공격을 가해오는데...
출시 됨: Jun 26, 2009
실행 시간: 108 의사록
별: 오가타 메구미, 하야시바라 메구미, 미야무라 유코, 사카모토 마아야, 미츠이시 코토노, 야마구치 유리코
Crew: Tatsuya Tanaka (Key Animation), 鷺巣詩郎 (Original Music Composer), 加藤浩 (Art Direction), 안노 히데아키 (Screenplay), 우타다 히카루 (Theme Song Performance), 朝来昭子 (Key Animation)